雖然Marquez已在上場泰國站提前封王，不過於日本站依舊展現冠軍氣勢，不僅於排位賽拔得頭籌，正賽起跑後也以優異的加速率先取得第一入彎，然後Marquez就開始以領跑之姿直到終點線前都沒人與他拼博。

而轉至GP組別的Quartararo其實力備受看好，於本站也取得第三起跑的位置，而第二同樣也是同屬Yamaha衛星車隊的Morbidelli。不過Morbidelli[因入彎失誤導致Quartararo趁機站上第二位置，之後Quartararo就立即對Marquez進行超越，但Marquez也非省油的燈，隨即還以顏色反超回第一位置，在此之後Quartararo就再也沒有任何超車機會，且秒數差距到了賽事後段與逐漸被Marquez拉開。

也因如此日本站賽事焦點都落在3～5名之爭，而且還是衛星車隊Morbidelli與Miller的爭奪，反觀廠隊車手表現竟沒優勢都居於後方追趕，經過幾次纏鬥後，Miller成功擺脫Morbidelli的糾纏。隨著賽事不斷推近，後方的Dovizioso與Vinales也逐漸追近Miller和Morbidelli距離，由於不斷追趕Dovizioso在出彎時發生小失誤，後方的Vinales也因而獲利進一步縮短與Dovizioso差距。

先前因不斷攻防讓配置軟胎的Miller開始失去抓地力，速度也因此不斷下滑，後方的Morbidelli、Dovizios與Vinales也登陸續趕上並超越。一路追趕有如開外掛的Dovizioso終於找到超車機會，甚至還追到遙遙領先的Quartararo，但最終因圈數不夠而無法能夠取得第二。而Vinales也無法超越Dovizioso最終以第四名完賽。至於Rossi不僅在排位賽表現不佳，正賽時依舊受到車輛設定困擾，整場賽事都在第11名中後段掙扎，甚至最後還發生轉倒退賽。

經過日本站後封王的Marquez積分上升到350分，Dovizioso為231分，Rins 176分排在第三，Vinales也同為176分，Petrucci 169分，大致是年度新人的Quartararo也有169分，而Rossi則不變145分。